简单来说，石敢当背后背的佛头，是和蝮蝂身上佛头、还有黄风怪砍下的佛头，都来源灵吉菩萨。石敢当的故事涉及到了石头精怪、黄风怪、土地等的事项，为了方便理解，从头开始梳理下故事脉络。
在黄风岭山崖附近，有许多石头吸取日月精华成为了石头精怪，其中有块青石英的石怪，因为有吸收月华的能力，经过长久的凝炼，她比其他石精先一步得道，封做了山神，名为石母。另外也有一个石精修炼得道，被封为石父。
可一日，山中出现了诡怪佛头，有眼耳口鼻，筋肉俱全，长在土里，十分古怪。即见活物，这些肉佛头便放声嚎叫，若对方靠来，它就一口将其吞下。在不断害人。
其实有一个石头精怪叫做石敢当，看这个佛头在不断害人，于是打算除了它，保护山中生灵，就一下撞在那佛头上，将其碾作了肉泥。这肉泥黏在它身上，不久竟依凭它的石身，又生出个石佛头来。
沾染上佛头后，石敢当性情大变，成日在山中搜寻其他肉佛头，先将其砸烂，再把残骸包裹到自己背上。所以在遇到石敢当时候，能看到身体有许多佛头。
石敢当也从原来保护生灵，变成了啃食山中生灵修行。石精们都斗不过他，经常被撞得粉碎，神魂俱灭。
石敢当黑化后，石精们联合山神一起对付石敢当，结果也难以招架，恰好，黄眉怪因为斯哈哩国居民变鼠事件离开了斯哈哩国，带领百妖经过了此地，看到这一幕前来相助。
最终一众将那佛头石怪制服，进行镇压。黄风怪将石敢当身上的石之精魄赠给两位山神作为补偿，黄风怪因为相助留在了黄风岭中，被尊为黄风大圣。两个山神拿到石之精魄后，有了人心人形。二石和合，竟诞下了个石头孩儿。被称作石父、石母与石子。
后面石父出走，石子去寻，最后只留石母镇守。
期间，因为当初制服石敢当时候，当地土地没有出手相助，于是分精魄没分给土地，于是心怀不满，于是看石父走后，化作石精的模样，去偷袭石母，吸取精魄。结果出了意外，只吸取一半，成为石头变不回来，成为石中人。
也就是剧情中看到的那个NPC。
后面到唐僧师徒路过黄风岭，虎先锋和黄风怪掳走了唐僧。最终黄眉怪被孙悟空请灵吉捉回了灵山。
面对黄风岭群龙无首情况，石母全力化生一个大石精锋进行镇守，在黄风怪回归后，因为此前有交情，在和谈后，大石精被封为石先锋，专门镇守石敢当。
后面故事线就接到了天命人前来。
此外，在石磷磷故事中也有暗示灵吉菩萨在搞鬼。
故事里一名书生在被石磷磷追，后面发现一个干瘦和尚操控岩石进行对打，这个干瘦和尚应该就是被砍了头的灵吉菩萨。
石磷磷故事：文人年轻时酷爱游历。一次他赶路十分辛苦，便寻了块大石靠着休息，不觉就睡了过去。酣睡间，他忽觉石头动了动，于是赶紧睁开眼。只见那石头上坑坑洼洼现出许多骷髅，而后奋力站了起来，石下生出双腿，和活人无甚差别。他心中骇然，知道此石不善，便拼命逃走。不知跑了多远，来到一个荒僻山谷，远远瞧见有个干瘦和尚，正盘腿于层岩之上打坐。文人大感诡异，转身又想跑，可身后的石精却追了上来。眼看就要遭殃，那和尚端坐的岩石竟站了起来，比之追来的石精还多出两条手臂，哐哐几下，便将前者砸得稀烂。这镇纸，正是它们打架时留下的残块。
